绘画作品
　　油画
《蒙娜丽莎》（《Mona Lisa》）
《圣耶若姆》（未完成）
《吉内薇拉·班琪》
《音乐家肖像》（未完成）
《抱银鼠的女子》
《额饰女郎》
《戴珍珠头饰的夫人像》
《拈花圣母》
《哺乳圣母》
《柏诺瓦的圣母》
《加罗法诺的圣母》
《岩间圣母》
《纺车边的圣母》
《圣母子与圣安妮》
《受胎告知》
《博士来拜》（未完成）
《基督受洗》（合作）
《施洗者圣约翰》
《酒神巴卡斯》
《莉妲和天鹅》（原画遗失）
《维特鲁威人》
《世界的救世主》

　　壁画
《最后的晚餐》
《安吉里之战》（未完成）
　　达·芬奇生前留下大批未经整理的用左手反写的手稿，难于解读。只有到十七世纪中叶，才有学者整理小部分达·芬奇手稿。达·芬奇的主要手稿丢失了二百多年，直到1817年才重见天日，但已被严重毁坏。手稿分类《绘画论》1817年，从乌尔宾诺图书馆发现经达·芬奇弟子弗朗西斯科·梅尔兹整理的《绘画论》手稿。
论雕刻
论建筑，包括教堂草图，拱型结构分析
论生理，包括论人的生死、记忆、智力和欲望
论解剖学
论葡萄种植及酿酒技术
论动物学
论天文，包括论地球、太阳和行星
论地理，包括论水流、地质学、意大利运河、法国的道路、论开矿、论哲学
小故事，包括寓言、谜语等

　　书信

　　1994年微软总裁比尔·盖茨以3080万美元的价格购买了达·芬奇的《哈默手稿》（手稿中纪录了达·芬奇在多个领域的研究成就，其中记载了他关注人体解剖的原因）。传记作家麦克尔·怀特问他为什么要这样做，盖茨苦笑道：“因为我需要它。”后来，比尔·盖茨并未按惯例将《哈默手稿》（以收藏者的名字命名）易名为《盖茨手稿》，而是恢复了它的初始名字——《莱彻斯特手稿》。这位被认为患有轻度自闭症的科学狂人是在通过购买行为来向那位生于500年前，第一个真正思考人和世界运转机理的科学巨匠致敬。
　　现存博物馆
　　为纪念这位伟大的艺术和科学大师，1928年在他的故乡成立了“列昂纳多·达·芬奇博物馆”，之后又成立了“芬奇的列昂纳多博物馆”。在米兰的科学技术博物馆中也有列昂纳多·达·芬奇的专题介绍。